Desa Ngadipuro mungkin sama dengan desa-desa lain, tentunya memiliki sejarah tersendiri. Sejarah asal muasal desa seringkali tertuang dalam dongeng-dongeng yang diwariskan secara turun-temurun dan disampaikan dari mulut kemulut. Sehingga sulit dibuktikan kebenarannya secara riil.

Dongeng tentang asal muasal Desa Ngadipuro berawal dari nama seorang lurah yang memimpin pada saat itu, yaitu NGADI dimana orang tersebut tinggal di salah satu wilayah yang saat ini adalah salah satu dusun di Desa Ngadipuro yaitu JIPURO. Sehingga pada saat peleburan ketiga Kelurahan menjadi satu Desa tersebut dipilihlah nama NGADIPURO sebagai nama Desa.

Sejarah Pemerintahan Desa :

Seiring dengan  perkembangan zaman Desa Ngadipuro terdapat empat dusun  terdiri dari Dusun Kandangan, Dusun Nguleg, Dusun Jepuro dan Dusun Klewer yang merupakan dusun termuda.

 Sejak terbentuknya Desa Ngadipuro telah mengalami pergantian kepemimpinan (Kepala Desa)  sebagai berikut :

• Tahun 1928 – 1954, Desa Ngadipuro dipimpin oleh Kardi Djoyo Tirto
• Tahun 1954 – 1966, Desa Ngadipuro dipimpin oleh Musman Djoyo Soekaryo
• Tahun 1966 – 1989, Desa Ngadipuro dipimpin oleh Djoyo Soeto
• Tahun 1989 – 1990, Desa Ngadipuro di PJ oleh Prayitno
• Tahun 1990 – 1999, Desa Ngadipuro dipimpin oleh HP.
• Tahun 1999 – 2007, Desa Ngadipuro dipimpin oleh HP.
• Tahun 2007 – 2013, Desa Ngadipuro dipimpin oleh Sumartono
• Tahun 2013 – 2019, Desa Ngadipuro dipimpin oleh

Dan pada periode Tahun 2019 ini hingga 6 (enam) tahun kedepan dipimpin kembali oleh ibu Fatmawati. Yang merupakan kepemimpinan untuk periode yang ke 2 (dua), Dimana dalam sejarah kepemimpinan di Desa Ngadipuro baru kali ini dipimpin oleh seorang Kepala Desa perempuan dan itu berjalan hingga 2 (dua) periode masa jabatan